O nome Salvador das Missões é uma homenagem ao lugar de origem dos primeiros colonizadores – Salvador do Sul. O núcleo colonial de Salvador das Missões surgiu praticamente na mesma época do início da colonização de Serro Azul, hoje Cerro Largo. Em 1906, chegaram os pioneiros da colônia local: Nicolau Nedel Filho e José Antônio Franzen, procedentes de São Salvador do Sul (atual Salvador do Sul) de Montenegro, e para lembrar sempre a terra natal, deram-lhe o nome de Linha São Salvador.
O núcleo colonial foi se desenvolvendo rapidamente, construindo-se logo a escola comunitária juntamente com a capela e a primeira loja comercial. Na década de 1920 foi fundada a primeira cooperativa agrícola na comunidade de São Salvador, hoje Salvador das Missões. O aniversário do município missioneiro é dia 20 de março. A Sede municipal localiza-se às margens da BR 392, uma das principais vias de integração dos países do Mercosul com o Brasil. Quem nasce ou mora no município de Salvador das Missões chama-se salvadorense.